Trường Polytechnique được quản lý trực tiếp bởi Bộ Quốc phòng Pháp. Cho dù ngày nay trường không còn là một học viện quốc phòng, nhưng các truyền thống quân đội vẫn được tiếp nối. Trước hết, đứng đầu trường là một vị tướng, thêm vào đó, các vị trí điều hành, quản trị, thể thao đều do các nhân sự trong quân đội đảm nhiệm. Tất cả các sinh viên, kể cả sinh viên nữ, đều phải trải qua một kì huấn luyện quân sự trước khi bắt đầu khóa học kĩ sư. Bản thân họ cũng là các sĩ quan dự bị. Về sau tính chất quân sự của trường ngày càng giảm đi, trên thực tế, rất ít sinh viên tốt nghiệp tiếp tục theo đuổi nghiệp binh.

Vào những dịp lễ lớn như ngày Quốc khánh Pháp (ngày 14 tháng 7), các sinh viên của Polytechnique tham gia lễ duyệt binh trên đại lộ Champs-Élysées trong bộ đồng phục quân đội truyền thống nổi tiếng của trường. Sinh viên trường Polytechnique thường nằm trong đơn vị duyệt binh thứ 2, chỉ sau duy nhất đơn vị khách mời của chính phủ Pháp.